Jan Bernard Szlaga, syn Jana i Heleny z domu Ściesińskiej, urodził się 24 maja 1940 roku w Gdyni, w domu przy ul. Kurpiowskiej 13. Ochrzczony został 2 czerwca 1940 roku przez ks. prob. Pawła Lubińskiego w kościele parafialnym Chrystusa Króla w Gdyni Małym Kacku. Ojciec, przed wojną pracownik Poczty Polskiej w Gdyni, pracował wówczas na kolei. Do pracy na poczcie w Gdyni, w ekspedycji telegramów, powrócił po zakończeniu II wojny światowej. Matka nigdy nie pracowała zawodowo. Był najmłodszym z sześciorga rodzeństwa (Tadeusz, Genowefa, Małgorzata i Maria; nie żył najstarszy syn, Kazimierz, zmarły we wczesnym niemowlęctwie). Rodzice zmarli w pierwszych „lubelskich” latach ks. Jana Szlagi – ojciec w roku 1967, a matka w 1971, wkrótce potem, w 1972, zmarł brat Tadeusz, były więzień łagru w Workucie, w 1997 zmarła najstarsza siostra Genowefa, a w 2008 Małgorzata.

Do szkoły podstawowej uczęszczał w Gdyni („Trzynastka”) w latach 1947-53. . W życiu parafialnym aktywny był ojciec, wieloletni radny parafialny. Matka aktywnie uczestniczyła w kole Żywego Różańca.

Po ukończeniu szkoły podstawowej w 1953 roku rozpoczął naukę w szkole średniej, najpierw w Collegium Leoninum w Wejherowie, gdzie ukończył klasę VIII i IX. W 1957 Jan Szlaga zdał w Pelplinie pierwszą maturę, prywatną, za którą uzyskał Nagrodę Rektora WSD. W czasie studiów w Wyższym Seminarium Duchownym, w roku 1959, po ukończeniu klasy XI w Korespondencyjnym Liceum Ogólnokształcącym w Gdańsku („Topolówka”), zdał maturę państwową. 2 czerwca 1963 roku, uzyskawszy dyspensę od wieku, przyjął święcenia kapłańskie, po czym pracował jako wikariusz w Łęgu (VII-VIII 1963) i w Jabłonowie Pomorskim (1963-65).

1 października 1965 roku zaczął studia specjalistyczne z zakresu biblistyki na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim, gdzie w 1968 roku uzyskał tytuł magistra teologii oraz stopień licencjata teologii w zakresie nauk biblijnych. W 1970 roku uzyskał stopień doktora teologii w zakresie nauk biblijnych. W roku akademickim 1972/73 odbył studia specjalistyczne na Papieskim Instytucie Biblijnym w Rzymie, na podstawie których uzyskał stopień licencjata nauk biblijnych. W roku 1976 habilitował się na Wydziale Teologicznym KUL na podstawie rozprawy „Nowość przymierza Chrystusowego według Listu do Hebrajczyków” , po czym w 1979 roku został powołany na stanowisko docenta i kierownika Katedry Egzegezy Ksiąg Narracyjnych Nowego Testamentu. W 1983 roku został powołany na stanowisko profesora w tejże katedrze i uzyskał tytuł profesora nadzwyczajnego. Wcześniej, w roku 1977, został mianowany profesorem egzegezy NT (kwestie wybrane) w Wyższym Seminarium Duchownym w Pelplinie. Na KUL-u pełnił różne funkcje administracyjne.

W latach 1969-88 pracował w zespole redakcyjnym „Encyklopedii Katolickiej”, a w latach 1981-88 był członkiem jej redakcji naczelnej. Uczestniczył w pracach wielu komisji KUL, m.in. przewodniczył komisji stypendialnej, komisji kontrolnej, komisjom rekrutacyjnym. Przez wiele lat był sekretarzem generalnym Towarzystwa Przyjaciół KUL. 26 maja 1988 roku został prekonizowany na biskupa tytularnego maskulitańskiego i pomocniczego chełmińskiego. Bullę nominacyjną podpisał papież Jan Paweł II dnia 13 czerwca 1988 roku, sama zaś nominacja została ogłoszona przez Radio Watykańskie 11 czerwca 1988 roku; biskupami konsekratorami byli kardynał Józef Glemp, Prymas Polski, abp Francesco Colasuonno, Nuncjusz Apostolski do Spraw Specjalnych Poruczeń, bp Marian Przykucki, ordynariusz chełmiński. Na zawołanie biskupie wybrał hasło „Parare vias Domini”, słowa z Benedictus o św. Janie Chrzcicielu.

Po przyjęciu sakry biskupiej, zajęcia dydaktyczne na KUL-u zachował w wymiarze pół etatu, natomiast rozszerzył zakres wykładów w Wyższym Seminarium Duchownym w Pelplinie (Wstęp do Ewangelii, Nowy Testament, język łaciński, seminarium magistranckie). W roku akademickim 1991/92 podjął jako profesor zwyczajny wykłady monograficzne z symboliki biblijnej na Wydziale Filologiczno-Historycznym Uniwersytetu Gdańskiego (od roku 1992/93 jako półetat). Współpraca ta trwała 10 lat. Pracę dydaktyczną na KUL-u zakończył 30 września 1995 roku, czyli po 25 latach.

Jako wikariusz generalny w diecezji chełmińskiej miał pod nadzorem sprawy nauki katolickiej, katechizacji; przewodniczył radzie programowej Wydawnictwa Diecezjalnego i wielu komisjom diecezjalnym; kierował diecezjalnymi zespołami II Polskiego Synodu Plenarnego. W ramach Konferencji Episkopatu Polski był członkiem Komisji Duszpasterstwa Rodzin, Komisji Duszpasterstwa Akademickiego, Komisji do Spraw Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego i Komisji do Spraw Ekumenizmu. Po reorganizacji struktur Konferencji Episkopatu Polski został 2 maja 1996 wybrany na przewodniczącego Rady Naukowej Konferencji Episkopatu Polski. Był także członkiem Rady do Spraw Ekumenizmu Konferencji Episkopatu Polski, a nadto (od 1997) uczestniczył w pracach Komisji do Spraw Dialogu pomiędzy Konferencją Episkopatu Polski a Polską Radą Ekumeniczną.19 marca 1992 roku Jan Bernard Szlaga został prekonizowany na pierwszego biskupa diecezjalnego pelplińskiego; nominacja ta została ogłoszona 25 marca 1992 roku. Rządy w nowo powstałej diecezji pelplińskiej objął 29 marca 1992 roku. Uroczysty ingres do Bazyliki katedralnej w Pelplinie odbył 24 maja 1992 roku.

Jako biskup diecezjalny dokonał niezbędnych zmian personalnych na kluczowych stanowiskach – w Seminarium Duchownym i w Kurii Diecezjalnej. Przeprowadził reformę administracji diecezji w ramach dekanatów, ustanowił nowe parafie, błogosławił i poświęcał nowe kościoły, utworzył Kapitułę Kartuską i Koronowską. Zwołał I Synod Diecezji Pelplińskiej. Zwołał i przeprowadził diecezjalny Kongres Eucharystyczny (1993), diecezjalny Kongres Trzeźwości (1994) i diecezjalny Kongres Różańcowy (1998). Powołał do istnienia Katolicką Rozgłośnię Diecezji Pelplińskiej Radio „Głos”.Zainicjował proces beatyfikacyjny kapłanów-męczenników okresu II wojny światowej.

Dbałość o stan materialny Kościoła diecezjalnego wyraża się przede wszystkim w trosce o Bazylikę katedralną. Pod patronatem Biskupa przeprowadzono renowację wnętrza Bazyliki i krużganków, całkowicie odnowiono strefę ołtarzową. Wszystkie te działania wysoko oceniła Kapituła Konserwatorów Wojewódzkich, która w roku 2004 jednomyślnie przyznali ks. biskupowi Szladze tytuł Conservator Ecclesiae.

Biorąc pod uwagę realną sytuację i wszystkie możliwe okoliczności, po przedstawieniu sprawy Ojcu Świętemu, odstąpił od afiliacji Wyższego Seminarium Duchownego do Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Laterańskiego, poszerzając współpracę z Wydziałem Teologii KUL, a następnie z Wydziałem Teologicznym UMK. Nadto powołał kolegia teologiczne do kształcenia katechetów. Erygował dom dla księży emerytów im. Biskupa Kazimierza Józefa Kowalskiego w Pelplinie (1996). W 1998 roku połączył Wydawnictwo Diecezjalne i Wydawnictwo Wyższego Seminarium Duchownego „Bernardinum”, w wyniku czego powstała nowa oficyna – Wydawnictwo Diecezji Pelplińskiej „Bernardinum”. Powołał do istnienia uniwersytety ludowe w Chojnicach, Starogardzie, Karolewie. Utworzył w diecezji licea katolickie w Tczewie, Lęborku, Chojnicach, Kartuzach i Świeciu. W Pelplinie z wielkim rozmachem rozpoczął odbudowę Collegium Marianum, od 2000 roku czynnego jako liceum męskie z internatem.Ustanowił Medal za Zasługi dla Diecezji Pelplińskiej, przyznawany osobom świeckim za wkład w duszpasterstwo, kulturę i naukę diecezji pelplińskiej. Z Gdyni do Tczewa przeniósł tamtejsze studium teologiczne i ustanowił je Instytutem Teologicznym Diecezji Pelplińskiej, podtrzymując umowę dydaktyczno-administracyjną z ATK (następnie UKSW) w Warszawie.

W Gorzędzieju ustanowił sanktuarium Świętego Wojciecha. Dla fary chojnickiej Ścięcia Świętego Jana Chrzciciela uzyskał tytuł bazyliki mniejszej. Po koronacji koronami papieskimi obrazów Matki Bożej powołał do istnienia Diecezjalne Sanktuarium Matki Bożej Pocieszenia w Lubiszewie (1997) oraz Diecezjalne Sanktuarium Matki Bożej Kościerskiej, Królowej Rodzin (1998). W Chojnicach, w 1997 roku powołał do istnienia Diecezjalne Sanktuarium Matki Bożej Fatimskiej. Ogłosił św. Wojciecha Biskupa i Męczennika patronem Starogardu, św. Jakuba Apostoła patronem Lęborka, bł. Józefa Jankowskiego patronem Brus, św. Brunona patronem Kartuz.

W 1997 roku powołał Chrześcijańską Szkołę pod Żaglami i jest jej patronem. Pierwszą załogę tej Szkoły pożegnał w Szczecinie przed rejsem dalekomorskim 25 września 1998 roku (sam rejs rozpoczął się 29 września).

W 1993, 1998 oraz w 2005 roku, wraz z wszystkimi polskimi biskupami diecezjalnymi, składał wizytę ad limina Apostolorum w Rzymie.

W październiku 1994 roku, wybrany przez Konferencję Plenarną Episkopatu Polski i powołany przez Ojca Świętego, brał udział w zwyczajnej sesji Synodu Biskupów w Rzymie, poświęconej życiu konsekrowanemu.

Na zaproszenie ks. biskupa Jana Bernarda Szlagi w czerwcu 1998 roku, po raz pierwszy w Pelplinie, odbyło się 295. zebranie plenarne Konferencji Episkopatu Polski. W 1998 roku rozpoczął w diecezji pelplińskiej przygotowania do wizyty Ojca Świętego w Pelplinie. Na zaproszenie Księdza Biskupa Ojciec Święty przybył do Pelplina 6 czerwca 1999 roku.

Ustanowił w diecezji instytucję nadzwyczajnych szafarzy Komunii świętej, a także wyświęcił pierwszego diakona stałego.

Oprócz rozprawy habilitacyjnej opublikował wiele artykułów, rozpraw, przyczynków i haseł encyklopedycznych. Był redaktorem wielu prac zbiorowych, w tym zwłaszcza „Wstępu ogólnego do Pisma Świętego” (Poznań 1986), w którym zawarł m.in. własne opracowanie hermeneutyki biblijnej. Był recenzentem blisko 300 prac magisterskich, w tym 150 napisanych pod jego przewodnictwem, promował czterech własnych doktorów, a piętnastu innym napisał recenzje doktorskie; siedem razy jako recenzent uczestniczył w przewodach habilitacyjnych, m.in. w przewodzie ks. dr. Michała Czajkowskiego (1987) i ks. dr. Waldemara Chrostowskiego na ATK (1996), a nadto w opiniowaniu wniosków o awansach profesorskich.

9 lutego 1996 roku otrzymał nagrodę „Media książce”, przyznaną za zbiór wywiadów na tematy religijne, głównie biblijne, jakie przeprowadziła red. Marzena Burczycka-Woźniak i zawarła w zbiorze „Reportażu stamtąd nie będzie” (Poznań 1995). W 2005 roku ukazał się kolejny zbiór rozmów zatytułowany „Na początku była miłość”, tej samej autorki.

Opublikował wiele listów pasterskich. Rozwinął działalność pisarską w ramach małych form publicystycznych – artykułów i felietonów, zamieszczanych głównie w „Pielgrzymie”, „Inspiracjach” oraz „Mszy świętej”. Ukazały się cztery tomy jego refleksji biblijno-liturgicznych „Przy stole słowa Bożego”, będących zapisem konferencji wygłoszonych na falach Rozgłośni Diecezji Pelplińskiej Radia „Głos”. W ramach cyklu „Biblioteka Pielgrzyma”, Wydawnictwo Diecezjalne wydało „Powtórkę z Biblii”, zbiór artykułów dotyczących problemów związanych z Pismem Świętym, opublikowanych wcześniej na łamach „Pielgrzyma”.

W listopadzie 2005 r. odbył III wizytę ad limina Apostolorum. 24 czerwca 2008 r. Biskup Pelpliński obchodził 20-lecie sakry biskupiej. Z tej okazji odbyła się promocja książki „Kościół Pelpliński na swoje 15-lecie”. W maju 2009 roku prezydent RP Lech Kaczyński odznaczył biskupa diecezjalnego Jana Bernarda Szlagę Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski.

Ważnym wydarzeniem w życiu biskupa Jana Bernarda Szlagi było zakończenie (24 maja 2011) ogólnopolskiego etapu na szczeblu diecezjalnym procesu beatyfikacyjnego II grupy polskich męczenników z okresu II wojny światowej.

24 marca 2012 r. Biskup Pelpliński przewodniczył uroczystościom 20-lecia diecezji. 25 kwietnia 2012 r. biskup pelpliński Jan Bernard Szlaga zmarł w starogardzkim szpitalu powiatowym.