Moderatorzy to osoby, które troszczą się o prawidłowe funkcjonowanie seminarium. Do grona przełożonych należą:
Moderatorzy zewnętrzni zajmujący się sprawami związanymi z codziennym funkcjonowaniem uczelni:
- Rektor, który kieruje Seminarium,
- Prefekt studiów, kieruje sprawami związanymi z dydaktyką i nauką.
Moderatorzy wewnętrzni, czyli ojcowie duchowni, sprawują pieczę nad rozwojem duchowym alumnów, to znaczy celebrują Msze święte w seminaryjnych kaplicach, głoszą kazania, służą nam w sakramencie pokuty i pojednania oraz pomagają w kierownictwie duchowym, troszcząc się o to, żeby przyjaźń z Jezusem rozwijała się, a przyszli księża byli, jak to określił Benedykt XVI, „specjalistami od modlitwy”.
Oczywiście najważniejszym przełożonym Wyższego Seminarium Duchownego jest biskup diecezjalny. To do niego należy podejmowanie najważniejszych decyzji związanych z uczelnią, moderatorami i alumnami.

ks. kan. dr hab. Tomasz Huzarek
Rektor
Święcenia kapłańskie przyjął w 1999 r. z rąk ks. bp. Jana Bernarda Szlagi. Studia specjalistyczne na Wydziale Filozoficznym KUL ukończył doktoratem z filozofii, a na Wydziale Teologicznym z teologii moralnej. Na Wydziale Teologicznym UMK i w naszym seminarium wykłada nauki filozoficzne, m.in.: metafizykę, etykę oraz bioetykę.

ks. dr Arkadiusz Drzycimski
Prefekt studiów
Wyświęcony w 2009 r. Ukończył studia w zakresie teologii pastoralnej na Wydziale Teologii KUL oraz w zakresie bioetyki w Międzywydziałowym Instytucie Bioetyki Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie i Wydziale Teologicznym UMK w Toruniu. W naszym seminarium wykłada obecnie teologię pastoralną oraz bioetykę.

ks. kan. dr Rafał Barciński
Ojciec duchowny
Wyświęcony w 2003 r. Następnie pełnił posługę wikariuszowską w parafii Wszystkich Świętych w Skórczu oraz studiował teologię duchowości na Wydziale Teologii KUL. Ukończył również Szkołę Formatorów w Centrum Formacji Duchowej w Krakowie. Od 2009 r. posługuje jako ojciec duchowny w pelplińskim WSD.
ks. dr Grzegorz Formela
Ojciec duchowny
Święcenia kapłańskie otrzymał w 2015 r. Po święceniach posługiwał trzy lata jako wikariusz w parafii św. Judy Tadeusza w Człuchowie. Następnie podjął studia specjalistyczne w Instytucie Duchowości Papieskiego Uniwersytetu Gregoriańskiego w Rzymie, zakończone doktoratem z teologii duchowości. Ukończył kurs Formatorów seminaryjnych w Kongregacji ds. duchowieństwa.