Na początku wyjaśnijmy może, skąd w ogóle wzięła się nazwa „seminarium”. Pochodzi ona od łacińskiego semen, które oznacza nasiono, ziarno. Określenie to zostało jak najbardziej trafnie użyte, gdyż miejsce, jakim jest seminarium to niejako „kuźnia”, gdzie rozwijają się w młodych ludziach zarodki powołania. Dlatego też od początku zadaniem seminariów było kształcenie umysłów i kształtowanie charakterów, by mogły one sprostać łasce powołania.
Idea zakładania seminariów duchownych po raz pierwszy znalazła swoje miejsce w jednym z dekretów Soborów Trydenckiego z 15 lipca 1563 roku, a mianowicie „Cum adolescentium aetas”. Diecezja chełmińska, której spadkobierczyniami są diecezje pelplińska i toruńska, a poniekąd także gdańska, na realizację uchwały soborowej musiała jednak czekać nieco dłużej.
Lata 1651-1676 w Chełmnie (od 1653 w Chełmży)
Lata 1676-1829
Lata 1829-1992
Uczelnia została ulokowana w zabudowaniach pocysterskich, sąsiadujących z przepiękną, gotycką świątynią zamienioną na katedrę. I tak pozostało do dziś. Historycy podkreślają ogromne znaczenie, jakie w tym okresie odegrał bp Ignacy Mathy (1824-1832). On to zorganizował pelplińską szkołę i utworzył bibliotekę. W XIX w. seminarium raz było zmuszone przerwać swoją działalność – było to w okresie Kulturkampfu w latach 1876-1887. Po jedenastu latach przerwy, dzięki staraniom bpa Leona Rednera, zaczyna ono znowu normalnie funkcjonować. Troska o formację kapłanów, dobieranie świetnej kadry profesorów i wysyłanie alumnów na studia sprawiło, że Pelplin został określony zaszczytnym mianem „Aten Północy”.
W I poł. XX w. „nowego ducha” w Seminarium tchnął bp Stanisław Wojciech Okoniewski (1926-1944), który zreformował tok nauczania seminaryjnego, rozbudował je, a także wprowadził seminaria naukowe. Dynamiczny rozwój uczelni przerwał wybuch II wojny światowej. Wtedy to zostało ono zmuszone do zawieszenia swojej pracy po raz drugi – tym razem na 6 lat. Bolesną datą dla Pelplina stał się 20 X 1939, kiedy to hitlerowcy zamordowali prawie wszystkich pelplińskich wykładowców. Przeżyli jedynie księża F. Sawicki, A. Karczyński, A. Liedtke i F. Manthey.
Po wojnie rozpoczął się trud odbudowy seminarium, którego podjął się administrator ks. Andrzej Wronka. 10 IX 1945 roku miała miejsce pierwsza po sześciu latach przerwy inauguracja roku akademickiego. Ogromny wpływ na jego rozkwit miała epoka rządów bpa Józefa Kowalskiego (1946-1972). Ustanowił Diecezjalne Dzieło Powołań Kapłańskich oraz dzięki jego staraniom w roku 1965 nastąpiła afiliacja Wyższego Seminarium Duchownego do Wydziału Teologicznego Papieskiego Uniwersytetu Laterańskiego. Pierwszym powojennym rektorem został ks. Józef Grochocki. Po nim funkcję tę pełnili: ks. Antoni Liedtke, ks. Franciszek Znaniecki i ks. Jerzy Buxakowski.
Lata od 1992
Od roku 2003 urząd rektora Wyższego Seminarium Duchownego w Pelplinie sprawował ks. mgr lic. Antoni Bączkowski.
Inni dostojnicy Kościoła, którzy byli profesorami pelplińskiego seminarium to m.in.: ks. Edmund Piszcz – arcybiskup warmiński, ks. Henryk Muszyński – metropolita gnieźnieński, ks. Andrzej Śliwiński – biskup elbląski, ks. Jan Szlaga – biskup pelpliński, ks. Wiesław Mering – biskup włocławski, ks. Wiesław Śmigiel – biskup toruński.
Od 2016 do 2019 rektorem seminarium był ks. prof. dr hab. Wojciech Pikor. Od 2019 roku tę funkcję pełni ks. dr Tomasz Huzarek.